Tečna hromatografija visokih performansi (HPLC)

Iako je dvodimenzionalna gel elektroforeza (2-DE) često korištena metoda za analizu cijelog proteoma, ona ima ograničenja kao što su ograničena sposobnost razdvajanja, diskriminatorni učinak i komplicirani operativni postupci. Često je teško dobiti zadovoljavajuće rezultate za analizu velikog dinamičkog raspona, niskog obilja i hidrofobnih proteina. Chong et al. je koristio HPLC/masenu spektrometriju za usporedbu i analizu differentijalnog izraza pre-malignih i proteina raka. Protein je bio odvojen HPLC-om, a prikupljene frakcije je identificirao MALDI-TOF-MS, tako da je protein kvantitativno analiziran u diferencijalnom izrazu dvije vrste ćelija. Kao nova vrsta tehnologije razdvajanja, višedimenzionalna tekuća hromatografija nema ograničenje relativne molekularne mase i izoelektrične tačke. Kroz kombinaciju različitih načina rada eliminira diskriminatorni efekat dvodimenzionalne gel elektroforeze. Ima karakteristike visokog vršnog kapaciteta i lagane automatiziranosti. Dvodimenzionalna ionski razmjena-reverzna fazna hromatografija (2D-IEC-RPLC) je najčešće korišten multidimenzionalni sistem separacije tekuće hromatografije u istraživanjima proteomije.