Proteomika se fokusira na dinamički opis regulacije gena, kvantitativno određivanje nivoa ekspresije proteina, identifikaciju efekata bolesti i lijekova na životne procese i objašnjenje mehanizma regulacije ekspresije gena. Kao nauka, proteomska istraživanja nisu od nule U početku, to je proširenje profila proteina (peptida) i tehnologije za mapiranje genskih proizvoda koji se koristi više od 20 godina. Peptidno mapiranje se oslanja na dvodimenzionalnu gel elektroforezu (2-DE) i daljnju analizu slike; i gen Profil proizvoda zavisi od raznih analiza nakon odvajanja, kao što su spektrometrija mase, analiza sastava aminokiselina itd.
Zbog postojanja promjenjivog uređivanja i RNK uređivanja, mnogi geni mogu izraziti razne različite proteine. Stoga je kompleksnost proteoma mnogo višu od složenosti genoma.
Ako je čitav genomski niz neke vrste dešifriran, to ne znači da je i proteom te vrste dešifriran. Specifičnu analizu proteina proizvoda gena treba odrediti sveobuhvatnom modifikacijom i regulisanjem nivoa genoma, nivoa transkripcije i nivoa prenošenja.