Dvodimenzionalna gel elektroforeza tehnologija i tehnologija masene spektrometrije su trenutno najšire korištene metode za proučavanje proteomije. Dvodimenzionalna gel elektroforeza tehnologija koristi izoelektričnu tačku proteina i razliku molekularne težine za razliku od različitih proteina. Iako je teško razlučivati proteine niskog obilja po dvodimenzionalnoj gelskoj elektroforezi, ima više zahtjeve za rad, ali njegova visoka prokrčnost, dobra rezolucija i reproducibilnost, a njegove karakteristike kombiniranja sa masenom spektrometrijom čine je najpopularnijim i pouzdanim metodama istraživanja Proteomika. Dvodimenzionalna gel elektroforeza tehnologija i masovna spektrometrija-based proteomics research procedures su priprema uzoraka→izoelektrično fokusiranje→polyacrylamide gel elektroforeza→gel sta →iging out protein spots of interest→in-gel probava→mas spektrometrijske analize za određivanje peptida Otisak prsta ili parcijalni aminokiselina sekvenca→za određivanje proteina. Istraživanja proteomika zahtijevaju odvajanje proteina visoke rezolucije i točne i osjetljive tehnike identifikacije spektrometrije mase. Bojenje proteina u gel elektroforezi ne samo da utiče na razlučivost odvajanja proteina, već utiče i na naknadno prepoznavanje masene spektrometrije. Bojenje proteina se može podijeliti u četiri kategorije: organsko bojenje reagenta, bojenje srebra, fluorescentno bojenje i obojenje izotopa.
Unlu et al. je predložio fluorescenciju diferencijalni prikaz dvodimenzionalne elektroforeze (F-2D-DIGE) kvantitativnom metodom proteomske analize. Di differential gel elektroforeza (DIGE) je tehničko poboljšanje 2-DE. Kombinuje metodu višestruke analize fluorescenciju. Razdvaja više uzoraka označenih različitim fluorescencijama na istom gelu i uvodi unutrašnji koncept. Proteini u dva uzorka se miješaju sa različitim fluorescentnim oznakama kako bi se izveo 2-DE kako bi se otkrio izraz proteina u dva uzorka, što uveličava preciznost, pouzdanost i ponovenost rezultata. U DIGE tehnologiji, svaka proteinska tačka ima svoj unutrašnji standard, a softver može automatski kalibrirati svoj izraz prema unutrašnjem standardu svake proteinske tačke kako bi osigurao da su otkrivene promjene izobilja proteina istinite. DIGE tehnologija je primijenjena u raznim uzorcima.