Fluorescentni mikroskop i obični mikroskop imaju sljedeće razlike
1. Način osvjetljenja je obično osvjetljenje, tj. Izvor svjetlosti projicira se na uzorak kroz sočivo objektiva;
2. Izvor svjetlosti je ultraljubičasto svjetlo, valna duljina je kraća i rezolucija je veća od one kod običnih mikroskopa;
3. Postoje dva posebna filtra. Ona ispred izvora svjetlosti koristi se za filtriranje vidljive svjetlosti, a ona između okulara i sočiva objektiva koristi se za filtriranje ultraljubičastih zraka radi zaštite ljudskih očiju.