Uglavnom žive u područjima sa bujnim vodenim biljkama i trijem u blizini rijeka, jezera, i močvara, a neki od njih žive na nadmorskoj visini od 2400 metara.
Nilski konji su poluvodni sisavci koji obično žive u plitkim jezerima, rijekama i močvarama. Voda mora da je dovoljno duboka da nilski konj potone celo telo u vodu. Općenito, najbolje je koristiti vodu duboku oko 2 metra. Tokom dana, nilski konji više vole da spavaju u plitkoj vodi, ili povremeno spavaju na gustoj blatnjavi. U ovim vodama dolazi do parenja i porođaja. Kada nema plitke vode, nilski konj je u dubljim vodama i može disati samo ostavljajući nosnice iznad površine. Nilski konj je izašao iz vode u sumrak, otišao na obalu po hranu, a zatim se prošetao poznatom stazom, obično manje od 1,6 kilometara, duž obale vode do gustog pašnika.