Oni koji se protive genetski modificiranoj hrani uključuju širok spektar interesnih grupa, od Greenpeacea do udruženja poljoprivrednika do kršćanskih crkava, i tako dalje. Njihovo protivljenje je koncentrisano u tri oblasti:
Prvo, genetska modifikacija je protiv prirode i stoga štetna. Pristalice su retortirali da današnji usjevi više nisu primitivne sorte, inače povrće koje ljudi jedu treba biti isto kao trava koju životinje jedu.
Drugo, nakon što se geni sa otpornosti na herbicide ili otrovne funkcije ubijanja štetocina uvaže u biljke, da li je hrana koju pružaju sigurna za ljude? Kao odgovor na to, pristalice su naglašavale da do sada nijedna kvalifikovana istraživačka institucija nije pronašla dokaze da genetski modifikovana hrana šteti ljudskom zdravlju, ali se njihov dugoročni uticaj može samo zadržati, i teško je dobiti sveobuhvatne dokaze da bi se ljudi uvjerili.
Treće, da li je moguće da promocija genetski modifikovanih biljaka prebrzo utiče na poljoprivredu i ekološku sredinu? Promocija genetski modificiranih usjeva koji su otporni na herbicide može ohrabriti farmere da pretjeraju s herbicidima, te tako naškode ili čak izumiranje nekih ne-glavnih usjeva. Mnogi poljoprivrednici u zemljama u razvoju koristili su takve ne-glavne usjeve kao dopunska hrana ili kao hranu za hranu. Američka uprava za ribolov i divlje životinje otkrila je da su 74 biljne vrste ugrožene učincima herbicida.