Postoje dva glavna aspekta, jedan je strukturalna proteomika, a drugi funkcionalna proteomika. Njegove istraživačke fronte su otprilike podijeljene na tri područja:
(1) Uspostaviti proteom ili subproteom i njegovu grupu veza proteoma za organizme ili ćelije tkivo koje se odnose na bazu podataka genoma ili transkriptoma, to jest konstitutivnu proteomiku.
(2) Obavljati lokalnu proteomiku ili komparativnu proteomiku važnih fizioloških i patoloških sistema ili procesa za važne životne procese ili velike ljudske bolesti.
(3) Proučavati interakciju između proteina kroz razne napredne tehnologije i mapirati proteine određenog sistema, to jest interaktivnu proteomiku, poznatu i kao "cell atlas" proteomika.
Osim toga, sa produbljivanjem istraživanja proteomika, pojavili su se neki novi istraživački pravci, kao što su subćelijska proteomika i kvantitativni proteomika. Proteomika je važna istraživačka metoda biologije sistema.