Koncept proteoma je prvi predložio Marc Wilkins. Odnosi se na sve proteine izražene genomom (Genom), ili ćelijom ili tkivom. Koncept proteoma ima mnogo razlika sa konceptom genoma. Organizacija, pa čak i stanje okoline se mijenja. Tokom transkripcije, gen se može sjeći u više mRNA oblika. Proteom nije direktan proizvod genoma. Broj proteina u proteomu ponekad može premašiti broj genoma. Proteomika je u ranom "razvojnom" stanju. Stručnjaci iz ove oblasti poriču da se radi o čistoj metodologiji. Baš kao i genomika, to nije zatvoren, konceptualizovan i stabilni sistem znanja, već polje.
