Patogen je kolektivni termin za mikroorganizme i parazite koji mogu izazvati bolest. Mikroorganizmi predstavljaju ogromnu većinu, uključujući viruse, klamidiju, riketsiju, mikoplazmu, bakterije, spirohete i gljivice; paraziti uglavnom obuhvataju protozoa i crve . Patogeni su parazitski organizmi, a prirodni domaćini parazitizirani su životinje, biljke i ljudi. Postoji više od 400 vrsta mikroorganizama koji mogu zaraziti ljude, a naširoko su prisutni u ljudskim ustima, nosu, faringu, probavnom traktu, urogenitalnom traktu i koži.
Svatko može biti zaražen više od 150 vrsta patogena u svom životu. Pod uslovom normalne ljudske imunoloske funkcije, oni neće izazvati bolest, a neki su čak i koristan za ljudsko tijelo. Naprimjer, cjednu floru (E. coli, itd.) može sintetizirati više vitamina. Postojanje ove flore također može inhibira reprodukciju nekih patogenih bakterija, tako da se ti mikroorganizmi zovu normalni mikrobioti (normalna flora). Ali kada se smanji imunitet organizma, ravnoteža između ljudi i mikroorganizama je Kada je uništena, normalna flora može izazvati i bolesti, pa se zovu i uslovni patogeni (uslovni patogeni). Bilo da je tijelo napadnuto patogenim ili ne, s jedne strane, povezano je sa vlastitim imunitetom, s druge strane, također zavisi od patogenosti patogena i broja invazija. Generalno, što je veći broj, veća je mogućnost zaraze. Posebno, patogeni sa slabom patogenošću zahtijevaju veću količinu da izazovu bolest. Nekoliko mikroorganizama su prilično patogeni i mogu izazvati bolest sa svjetlosnim infekcijama, kao što su kuga, boginje, i bjesnoca.